1949年新中国成立初期，西南某城市表面平静，暗地却涌动着国民党特务的暗流。医学院毕业的龙飞（周杰 饰）被调入公安局刑侦科，本以为能大展拳脚侦破命案，却因一桩离奇案件卷入了迷雾重重的谍战漩涡。
城郊废弃的白公馆突然出现女尸，死者胸前别着神秘的梅花标记。龙飞在勘查现场时，发现公馆地下室藏有一套尘封的“梅花档案”，泛黄的纸张上记录着人体实验数据、神秘符号和潜伏特务名单，档案边缘的梅花水印仿佛带着某种邪恶的诅咒。更诡异的是，死者的面容竟与龙飞已故的女友南云（苏瑾 饰）惊人相似。
随着调查深入，龙飞身边接连发生怪事：深夜的窗外总有黑影闪过，家中的照片被人调换，就连同事也莫名卷入死亡陷阱。他怀疑一切与国民党特务组织“梅花党”有关，而档案中隐藏的“X计划”，似乎正酝酿着颠覆城市的惊天阴谋。
为了揭开真相，龙飞冒险接近白公馆管理员朱娜（海清 饰）。朱娜表面单纯善良，却对公馆秘事避而不谈，她收藏的旧唱片里，竟暗藏特务接头的摩斯密码。与此同时，龙飞的顶头上司罗处长（董勇 饰）看似全力支持调查，却总在关键证据出现时横生阻拦。
当龙飞逐步拼凑出“梅花党”以人体实验研制生化武器的计划时，他被特务绑架。在阴森的地下实验室里，他发现了更多刻着梅花标记的尸体，而幕后黑手的真实身份，竟是最意想不到的人——一直以“受害者”形象示人的朱娜。原来，朱娜是“梅花党”骨干，她利用龙飞的信任，企图将“X计划”嫁祸给我方。
最终，龙飞凭借智慧与勇气摧毁了实验室，捣毁了特务巢穴。但“梅花档案”中未解密的名单，暗示着这场暗流涌动的谍战远未结束，新的危机仍在暗处潜伏。
整部剧通过环环相扣的案件、阴森的氛围营造和人物间复杂的情感纠葛，将悬疑与谍战元素完美融合，展现了特殊年代里情报工作者与敌特斗智斗勇的惊险历程，是国产谍战剧中令人毛骨悚然又欲罢不能的经典之作。