影片开始的时间轴被锁定在新中国解放后，清王朝废帝伪满洲国的傀儡皇帝溥仪被作为战犯从苏联押回国内。他坐上了从苏联回来的火车，身边是押送监视他的解放军。他猜测自己难逃一死，便躲在狭小的卫生间里，割脉自杀。心灰意冷的他，却意外地被发现救起，而后文革的风风雨雨，在他身上留下了斑斑伤痕。于是倒叙的闪回手法交代起他跌宕起伏的一生。
溥仪（尊龙 饰）的一生在电影中娓娓道来。1908年慈禧太后归西，溥仪成为中国最后一任皇帝。他从三岁起登基，年幼的眼光中只有在一只蝈蝈上，江山在他心中只是一个不明所以的名词。在20世纪初全球君主制行如末路，他的个人命运已注定身不由己。
电影前半部溥仪是个痛恨生在帝王家的懵懂少年，东陵被盗事件催发他复国幻想，他以为可以变革，却被太监一把火烧了朝廷账本。他以为自己是大清江山的主人，却做了日本人的傀儡。被囚禁到铤而走险只不过是两种被摆布的状态。
开画后一幕，时间是1945年关东军被击败，溥仪沦为苏联红军阶下囚被移交给中共当局。使命感的终结在这里表现得相当克制，热水池里流出的血流并不猩红，画面的灰绿色与腐烂、幽禁建立起某种关联。
接着便是不断闪回的段落，从三岁入宫开始，紫禁城被赋予两种色调：赭色和红色。
三岁顽劣孩童坐不住龙椅，父亲急地说：快完了，快完了！不想一语成谶。但是门外是什么世界？山呼万岁、群臣叩首。不是所有人都犹如心想，更多的而是黄袍加身的惶惶。
溥仪终生不育（在小说《末代皇帝溥仪》中有写到溥仪因与婉容做爱完事后，喝了一口凉水，便丧失生育能力。其实则不然，我认为鸦片是一个原因，对乳母的羁恋则是根源。）
《末代皇帝》有个超现实的结尾，真实的溥仪1967年，即文革第二年与世长辞。他的人生仿如梦一场，溥仪的独特身份将命运捉弄数倍放大，他的身影消失在昔日的紫禁城。这时便意味着一个王朝已然轰然落幕。
玉京曾忆昔繁华。万里帝王家。 琼林玉殿，朝喧弦管，暮列笙琶。
花城人去今萧索，春梦绕胡沙。 家山何处，忍听羌笛，吹彻梅花。
蛐蛐究是谁的魂魄，瓮中无日月，可曾悲鸣。
集中在溥仪的目光，却折射出了整个历史、整个国家乃至整个社会的变迁和兴衰，在历史洪流之中，个人的起起伏伏终究只是区区尘埃，命运与轮回的古希腊式悲剧却赋予了中国式的大气磅礴和韵味流长。以西方人视角窥见的中国文化，美得惊心动魄，却又悲得无法自已。结尾的恍如隔世。最让人感慨的是，作为一个人，他却完全无法掌控自己的人生，总是被人摆布，生在这样的时代，有着这样的人生，真是让人无比感慨，最后回到故宫的一幕，让人不禁辛酸。