神秘少女希达从天而降，被少年巴鲁所救，二人就此展开了冒险的旅途。少女希达实际上遭受着军方和海盗两方的追捕，巴鲁与小镇上的人们为救少女而展开了斗争。在师傅，火车伯伯，以及村民等的帮助下，二人逃进了地洞里，遇见了神秘爷爷，也渐渐拉开了飞行石神秘的面纱。但第二天一早，二人却被军方制服，巴鲁被囚禁在地牢，希达被军方监视，试图通过其找到前往拉普达的路，希达为救巴鲁，说了狠心的话试图让其死心。巴鲁魂不守舍的回到了家，却发现被海盗一行人占领了，在于其短暂的相处中，巴鲁决定于其前行，去拯救少女希达。
此时的希达不得已说出了咒语，谁知从天而降的神器机器人也就此唤醒，在军方驻扎地展开了激烈的斗争。最后在海盗等人的帮助下，巴鲁与希达终于相遇，而飞行石却被掉落在了军方手里，可怜的机器人也被摧毁。在巴鲁和希达的恳求下，海盗们同意了二者的加入，二人的加入为海盗们注入了新的活力，他们也逐渐建立起了深刻的友谊。在共同努力下，跟随着军方飞艇，大家纷纷进入了天空之城拉普达。而海盗们却被军方所控制，军方也沉迷于金钱财宝的迷惑中，此时的穆斯卡终于露出了真面孔，要挟着少女进入了核心，找到了天空之城的驱动力，成为了天空之城的国王，妄图用其称霸世界。在巴鲁和希达的努力下，二人一起说出了毁灭的咒语，天空之城开始崩坏，核心飞行石带着剩下的宁静的如同世外桃源的天空之城终于远离了世界的纷争与灾难。巴鲁和希达也在命运的安排下，成功获救，与海盗们汇合，最后分别，走向了彼此新的远方。
宫崎骏在其动画电影里塑造过很多成功感人的情侣形象，无论是《侧耳倾听》里的圣司与小雯，《悬崖上的金鱼姬》里的波妞与宗介，《哈尔的移动城堡》里的哈尔与苏菲，还是本部影片的巴鲁和希达，他们都具有着共同成长，共同进步的感情理念，双方相互理解，相互鼓励，互相成为了更好的自己。而针对于影片中的拉普达作为一个拥有高科技的城堡，最终却沦落于荒芜与毁灭的结局，希达在影片中说，是因为没有扎根于土地，无法感受到风。而在对于本就应该消失的拉普达来说，希达与穆斯卡有着完全不一样的理念。希达希望拉普达本就应该消失，这样的一个世外桃源与具有强大力量的地方，不应该被坏人所利用。穆斯卡却完全不满足于拉普达所拥有的财宝，而是妄图利用拉普达称霸地球，将人们看为了垃圾，这样的人拥有了这样的力量，无疑是毁灭性的打击。
除了对于拉普达深思外，我们可以从其他的人物中获得很多。希达与巴鲁作为这般大小的孩子，却有着比很多大人都高的觉悟，愿意用自己的牺牲，换取世界的安稳。作为海盗们，他们或许比影片里所谓的军方要好得多，他们目标单纯，就是飞行石，就是金银财宝，对于感情也懂得理解与尊重，对于希达也并没有什么危险。而军方却是想要利用希达，不仅仅是财宝，而是对于希达本身，想必最后也不会有什么好的结果。有很多时候，一个人展现的并不是其表面上看起来的样子与能力，对于大家来说，最应该学会的就是不要以貌取人，凭借刻板印象与标签来衡量一个人的好坏与行为方式。在这部影片中，最值得深思还是天空之城拉普达的设想，无论是科技多么发达，无论是哪一个国家的人民，都无法脱离根基，在人生中最重要的事就是找到自己的根，不要像天空之城一样，根永远是人们无法舍弃的依恋与终点 。