影片讲述反黑组警长肥沙（林雪 饰），在一次与黑社会冲突中不慎丢失手枪。这件事非同小可，如果手枪被黑社会用去行凶，肥沙将大祸临头。PTU（警察机动部队）警官何文展（任达华 饰）出于义气，答应在天亮之前帮他寻回手枪，带几名手下开展了寻枪行动。而在同一晚，重案组的Madam张（黄卓玲 饰）在接手一单黑社会谋杀案时，怀疑肥沙与黑社会有染，由此与PTU发生意见分歧。于是人与人，部门与部门之间的矛盾、争斗和角力，在夜幕中徐徐拉开……
影片故事性很强，杜琪峰导演这次剑走偏锋，一改以往银幕上的的警察正义形象。把警察塑造成横行霸道的形象，连黑社会都只能对他们敢怒不敢言。
电影开场就是肥沙在火锅店偶遇黑社会马尾和他四个小弟，肥沙故意坐到马尾一桌，马尾被逼让位并再次抢了隔壁大眼手下的位置。随后马尾四个小弟把肥沙引到后巷毒打了一顿，肥沙的警枪还在这个过程中不见了。
PTU何文展和Kat两队赶到肥沙出事地，何文展敏锐地发现肥沙的枪不见了，肥沙说是被马尾手下拿走，并称自己下月将升职。何文展决定天亮前帮肥沙寻回枪，暂不向帮办上报丢枪一事。
何文展亲率几名警员，去盘问马尾的老表蛮哥。对话时，蛮哥的一名小弟，多次对展sir出言不逊。展sir面无表情，这里表现了他冷峻的一面。只见展sir掏出一包毒品，当面塞进蛮哥的烟盒中，打算进行栽桩陷害。霎时，蛮哥害怕了。展sir让蛮哥联系马尾，不过此时的马尾已经被大眼的手下杀死了，肥沙在犯罪现场拿了马尾的手机，最后联系到肥沙，肥沙告知展sir马尾被人杀了。展sir只能去找马尾手下继续寻枪。
电影的剧情围绕着寻找肥沙丢枪这个主线，同时又插入黑帮争斗行凶，小孩砸车窗偷钱以及片首提到的运钞车抢劫案，使得整个剧情矛盾变得错综复杂起来，让人看不透故事的走向，最后的大战也显得引人入胜。
国语版对最后的结局进行了删减，所以要看一定要看粤语原版。