在风云变幻的1948年，谍战剧《神秘人质》将观众带入了一场惊心动魄的生死较量。
故事围绕着中共地下党员燕文川（刘小锋饰）展开。表面上，燕文川是留洋归来的经济学家，举止儒雅、风度翩翩，然而他真实的身份却是肩负重要使命的秘密特工。一次意外，燕文川被国民党保密局误抓，卷入了一场错综复杂的阴谋之中。
国民党保密局滨江站站长陈恭如（宁理饰）老谋深算，他认定燕文川是中共地下党，想尽办法要从他口中获取情报。面对陈恭如的威逼利诱和残酷审讯，燕文川凭借着过人的智慧和坚韧不拔的意志，巧妙周旋。他利用自己的身份和所学知识，编造出看似合理的谎言，一次次化解危机，让敌人在真假难辨中陷入迷茫。
燕文川在狱中结识了同样被关押的窦婉茹（黄曼饰）。窦婉茹是国民党高官的女儿，性格直爽泼辣，她最初对燕文川充满怀疑，两人冲突不断。但在共同面对困境的过程中，窦婉茹逐渐被燕文川的正直与勇敢所打动，开始暗中帮助他。而燕文川也发现，窦婉茹的身份或许能成为他完成任务的关键突破口。
随着剧情推进，滨江城暗流涌动。国民党内部派系斗争激烈，各方势力都在为即将到来的局势变化做着准备。燕文川不仅要应对敌人的审讯，还要提防来自其他势力的算计。他凭借着对党的忠诚和出色的应变能力，在敌人的眼皮底下传递出了一个又一个重要情报，为我党在滨江城的斗争提供了有力支持。
随着局势愈发紧张，陈恭如对燕文川的怀疑始终未消，他布下重重陷阱，试图将中共地下党一网打尽。燕文川在一次次死里逃生后，逐渐摸清了敌人的计划。为了完成组织交付的最后任务，他决定冒险设局，利用敌人内部的矛盾，给国民党保密局致命一击。
在一场精心策划的行动中，燕文川与中共地下党同志里应外合，成功破坏了敌人的重要战略部署。而他与窦婉茹在经历了无数生死考验后，也产生了深厚的感情。最终燕文川完成使命，成功脱离险境，为解放滨江城立下了汗马功劳，也收获了属于自己的爱情。